保温保湿。关严薯窖门窗、窖口、气眼等，一旦窖内温度低于10℃则要根据具体窖型进行增温，目前主要有电暖气、炉灶、火道以及空调增温等。同时，可在薯堆上覆盖麦秸、草毡、棉被等进行保温。如果窖内湿度小，可在窖内薯堆旁的地沟内放水调湿，窖内空气相对湿度以经常保持在85%左右为宜。

保证窖内清洁。收获入窖时，薯皮的剐蹭最易造成后期病菌的感染，因此甘薯窖藏期间要经常对窖内的病薯烂薯进行清理。但切忌，不要为了发现病薯烂薯而对薯堆、薯块进行反复翻找，以免造成二次剐蹭。

定期对窖内进行杀菌消毒。可用甲基托布津、多菌灵、咪鲜胺等药液喷打窖壁四周以及薯堆，也可用硫黄、百菌清等烟熏剂密闭熏窖灭菌，防治贮藏期甘薯病虫害。